По общепринятому мнению, основанному на источниках, оставленных Плутархом и Тацитом, легион был основан Калигулой для его германского похода 39 года. Наименование Primigenia они трактуют в честь наиболее почитаемой императором богини — Фортуны, которые римляне часто называли «Перворождённой» (по лат.Primigenia — «Перворождённая»).

Однако Р. Канья в своей книге «Легион» утверждает, что легион был сформирован Клавдием на замену тем легионам, которые он перевел в Британию из Германии. Порядковый номер указывает на то, что легион создавался раздвоением легиона XXII Deiotariana.

В 39 году легион переходит через Альпы и устремляется в долину Рейна. Первое сражение происходит в окрестностях Висбадена. Легион встает лагерем в Ксантене (совр. Ксантен, Германия), вместе с легионом XXI Rapax.

В 40 - 41 годах участвует в двух кампаниях на Рейне под командованием Авла Габиния Секунда и Гальбы. По возвращении встает лагерем в Могунтиаке (совр. Майнц, Германия).

В 69 году поддержал Вителлия, подразделение легиона присоединидось к армии, идущей на Рим, после чего участвовало в битве при Кремоне, оказавшись на стороне побежденных.

Под командованием Гая Дилия Вокулы легион участвовал в подавлении батавского восстания в 69 - 70 году. Был в составе сил, направленных на спасение легионов в Ксантене, затем успешно оборонял Могунтиак, однако в конце концов оставил его. Входил в армию Квинта Петиллия Цериалиса, подавлявшего восстание.

После подавления восстания короткое время был в Виндобоне (совр. Вена, Австрия).

В 89 году участвовал в подавлении восстания Сатурнина, за что получил титул Pia Fidelis Domitiana («Верный и преданный Домициану»).

С 90 года легион постоянно стоит лагерем в Могунтиаке. На протяжении I и II столетий , участвует в войнах с даками, используется на строительстве. Части легиона принимают участие в парфянской кампании Луция Вера и в маркоманской войне.

В 193 году выступил на стороне Септимия Севера. Участвовал в кампании против Клодия Альбина в 194 году, оборонял Трир. Позже участвовал в битве при Лионе, потом в экспедиции Септимия Севера в Шотландию.

В 213 году получил титул Antoniniana («Легион Антонинов») за участие в кампании Каракаллы в Германии.

В 233 году участвует в кампании Александра Севера против сасанидов, за что получает титул Alexandriana («Легион Александра»).

В 235 году выступает против алеманнов.

В 260 году выступает на стороне Галлиена против < Постума и получает титул Pia VI Fidelis VI. Позже принимает участие в кампании против вестготов.

В < 268 году, после смерти Галлиена, перешел под командование Лилиана. С 268 по 274 год находился под командованием императоров Галльской империи. В 274 году Аврелиан вернул Галлию под управление Рима. Легион по-прежнему размещался в Могунтиаке.

Последние записи о легионе относятся ко времени Константина Великого 306 - 337 годы). В это время легион был расформирован. Достоверно известно, что во времена Констанция II легиона уже не существовало.